Omicron ya domina en Sudáfrica. si el R0 del Delta es 12 , el omicron es entonces de 36 a 72 ( el sarampión es de 18)

 Omicron ya domina en Sudáfrica

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La variante parece haber superado rápidamente a Delta y ha desencadenado otra ola de infecciones.

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Estimado basado en secuencias enviadas a GISAID

Fuentes: Tom Wenseleers (2021); Nacional de Sudáfrica

Instituto de Enfermedades Transmisibles; GISAID

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7 de diciembre de 2021

Hace SOLO UN mes, la pandemia de Sudáfrica parecía estar llegando a su fin. El país estaba registrando menos casos de covid-19 y admitiendo menos pacientes en los hospitales que en cualquier otro momento desde el comienzo de la pandemia. Las muertes registradas semanalmente, por cualquier causa, se redujeron a los niveles vistos por última vez antes de la pandemia. Los turistas volvían. El SARS-CoV-2 parecía estar pasando a un segundo plano para convertirse en una enfermedad endémica más.

No más. Los casos de covid diagnosticados diariamente comenzaron a aumentar a mediados de noviembre. Poco después, las admisiones hospitalarias también comenzaron a aumentar. La causa parece clara: Omicron, una mutación descubierta por primera vez en muestras recolectadas el 8 de noviembre en Sudáfrica y tres días después en la vecina Botswana. No está claro qué tan virulento es: algunos han afirmado que la variante es menos mortal, aunque la evidencia de eso parece, hasta ahora, no concluyente.

¿Cómo puede Omicron, que solo se ha confirmado en menos de 300 casos en Sudáfrica, ser responsable de una ola que supera los 10,000 casos por día? Las pruebas, que han plagado los datos de Covid desde que comenzó la pandemia, siguen siendo un problema. Así como los casos de covid representan solo infecciones diagnosticadas en lugar de todas las infecciones, los “casos confirmados por variante” representan solo aquellos pacientes cuyas muestras de virus fueron secuenciadas. El número real de infecciones por Omicron es, por tanto, mucho mayor que las confirmadas. Desde el 26 de noviembre, ni una sola muestra recolectada en Sudáfrica y enviada a GISAID, una iniciativa de intercambio de datos para secuencias de virus de corona e influenza, ha contenido la variante Delta previamente dominante. Todos han sido Omicron.

Al analizar las proporciones cambiantes de diferentes variantes entre virus secuenciados en GISAID, Tom Wenseleers, profesor de biología y bioestadística en KU Leuven, en Bélgica, descubrió que Omicron probablemente superó a Delta en su proporción de casos sudafricanos ya el 11 de noviembre. Esto fue solo cuatro semanas después de que los datos de secuenciación sugirieran que el virus comenzó a circular. Al 7 de diciembre, el número total probable de casos de Omicron había llegado a 88.306. En oleadas pasadas, el modelo del Imperial College de Londres sugiere que los casos confirmados representan aproximadamente una de cada diez infecciones en Sudáfrica. Esto sugiere que las infecciones totales por Omicron no son de cientos, sino de cientos de miles.

Las nuevas variantes superan a las antiguas al infectar a más personas. Omicron es claramente ahora dominante en Sudáfrica, en relación con Delta. Basándose en la velocidad a la que superó a Delta, Wenseleers estima que el número reproductivo de la mutación podría ser de tres a seis veces mayor que el de Delta. Trevor Bedford, virólogo del Centro de Investigación del Cáncer Fred Hutchinson en Seattle, calcula el número reproductivo más probable entre tres y tres y medio, frente a alrededor de uno justo antes de que surgiera la variante. Pero algunas mutaciones de SARS-CoV-2 parecen tener una ventaja limitada solo a un contexto particular. La variante Alpha, detectada por primera vez en Gran Bretaña, nunca se popularizó en el sur de África, al igual que Beta, que se detectó por primera vez en Sudáfrica, nunca llegó a ser dominante fuera de la región según los datos de secuenciación de GISAID (aunque se estableció temporalmente en Filipinas) . Delta, por otro lado, se convirtió en dominante en todas partes.

Con Omicron ahora detectado en más de 50 países, el mundo pronto descubrirá si desplazará a Delta también a otros lugares. La evidencia disponible hasta ahora parece sugerir que lo hará. En Gran Bretaña y varios otros países, Omicron ya es responsable de más del 0,2% de los casos por variante. ■

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